Le Directeur Général de l’ONCFS est nommé par décret pris en conseil des ministres, sur rapport du ministre chargé de l’écologie. 

Il dirige l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage et assure le fonctionnement de l’ensemble des services ; à ce titre, il recrute et gère le personnel. Il est chargé de faire appliquer toutes les décisions prises par le Conseil d’administration.
Outre, son rôle de Directeur Général, il assure une liaison constante avec le Ministre et son administration en apportant son appui aux actions entreprises sur le plan administratif et technique.

Aux côtés du Directeur Général, un secrétariat Général, six directions (3 opérationnelles, 3 fonctionnelles), une inspection générale des services et un conseiller technique déclinent la politique définie par le Conseil d’Administration et approuvée par les ministères de tutelles.

Ils assurent sa mise en œuvre en définissant les moyens nécessaires pour répondre aux objectifs fixés.

Un Contrat d’Objectifs, adopté par ce Conseil, approuvé par les ministres de tutelle définit pour la période 2009-2011 les objectifs assignés à l’établissement, en cohérence avec la politique de l’Etat.