Dès l’année 2004, l’agent technique de l’Environnement Jean-Luc MARANDON commence un recensement exhaustif des populations, sur plus de 1500 plans d’eau situés dans les régions naturelles de la Sologne Bourbonnaise, du Val d’Allier, du Bocage Nord, etc... La seule publication précédente (Brugières, 2006) faisait état d’une soixantaine d’étangs fréquentés par la cistude. En 2013 le nombre de pièces d’eau sur lesquelles sa présence a été constatée atteint aujourd’hui 210. On voit que ces populations ont été largement sous-estimées par le passé, et que le travail mené par l’ONCFS est d’une importance capitale.
Populations de cistude d’Europe
Etat des populations
Un état récapitulatif des populations, regroupant les informations recueillies à ce jour, et indiquant le nombre d’individus recensés par plan d’eau, est tenu à jour et disponible pour tout organisme officiel désirant en prendre connaissance.
Noyaux de populations
On appelle noyau de populations un ensemble constitué d’un habitat cohérent et limité (en général bassin versant d’un ruisseau), sur lequel évoluent des populations connectées entre elles et échangeant des individus et des gènes. Chaque noyau se distingue donc des autres par les barrières qui les séparent, rendant impossibles ces échanges. Entre chaque noyau de vastes territoires sont souvent vides, inadaptés ou dégradés.
Plus de 100 noyaux de population ont pu être distingués, constitués chacun de 1 à 30 étangs, avec des effectifs très variables.
Réseaux de populations : une quinzaine de réseaux importants
On constate que les principales populations sont présentes sur des étangs reliés par un ou des ruisseaux, formant des réseaux à l’intérieur desquels les déplacements et les échanges sont possibles, permettant une dynamique plus favorable à l’espèce (refuges, recolonisation et échange de gènes).
A l’intérieur de ces complexes, le pourcentage d’occupation des étangs par la cistude varie entre 25 et 75%, ce qui est très supérieur à la moyenne (15 % environ). Cela montre bien le rôle crucial que jouent ces complexes d’étangs reliés entre eux dans la conservation de l’espèce.
Densités
Elles sont très variables, à partir de 1 individu/ha sur des plans d’eau où l’espèce est en voie de disparition. Les captures effectuées par divers organismes (LPO, CEN Allier) montrent que les densités peuvent atteindre localement 100 individus/ha.
Recherches complémentaires
Observation de la ponte
Recherche des sites de ponte

En complément de la connaissance des populations de cistude, il est important de connaître les emplacements où ces reptiles déposent leurs pontes. Il s’agit en général de terrains sablonneux, biens exposés et dégagés. La recherche de ces emplacements est primordiale, puisque l’une des principales menaces pesant sur l’espèce et entraînant sa diminution est la prédation sur les nids. La cistude enfouit ses œufs (une dizaine) à faible profondeur (8 à 12 cm), et ceux-ci sont convoités par plusieurs espèces prédatrices, renard, blaireau, sanglier principalement. On estime qu’au moins 95% des pontes sont ainsi détruites.
Ces « nids » détruits par les prédateurs sont assez facilement repérables, et leur recherche est la façon la plus facile de découvrir les sites de ponte. Actuellement 40 de ces sites sont connus dans l’Allier, certains fréquentés par les cistudes de plusieurs étangs voisins, et pouvant regrouper plusieurs dizaines de pontes.
Recherches sur les dates de pontes
La plupart des pontes s’effectuent sur une période d’une dizaine de jours.
Le suivi de la ponte depuis 2009 montre que ces périodes sont très variables, suivant les années, entre le 15 mai (2011) et le 15 juillet (2013), en fonction des conditions météorologiques (le plus tôt lors des printemps chauds).
Enquête sur les disparitions de populations
En interrogeant les propriétaires et usagers de plans d’eau, il a été possible d’en recenser une quarantaine dont la cistude a disparu au cours des 25 dernières années.
Causes de diminution des populations
Dans l’Allier comme dans beaucoup d’autres territoires, les facteurs principaux amenant à une diminution, voire une disparition de l’espèce sur les plans d’eau sont les suivants :
Fragmentation des milieux, et donc des populations – interruption des voies de communication entre noyaux de populations
Destruction des pontes (prédation, travaux agricoles)
Prédation sur les pontes
Prédation sur les jeunes (hérons et divers)
Mise en assec prolongé des étangs
Captures illicites
Aménagements des plans d’eau détruisant les zones d’hivernage
Mesures de protection
Plan régional d’actions
Les populations de cistude d’Europe étant en constante diminution sur l’ensemble du territoire national, l’espèce fait l’objet d’un plan de restauration. (Plan National d’Actions). Grâce aux observations de l’ONCFS mettant en évidence la responsabilité du département de l’Allier pour sa conservation, un Plan Régional d’Actions (PRA) a été décidé par la DREAL Auvergne. La rédaction de ce plan, puis sa mise en œuvre sont confiées au Conservatoire d’Espaces Naturels de l’Allier, auquel le service départemental de l’ONCFS apporte son concours actif et transmet ses observations.
Espaces protégés
Réserves Naturelles
La réserve naturelle du Val d’Allier comprend plusieurs bras morts de l’Allier sur lesquels la cistude est présente, en faible densité.
Zones NATURA 2000
Actuellement, sur les 210 plans d’eau où l’espèce est connue, seul un petit nombre bénéficie de mesures de protection ou de gestion. Il s’agit, en premier lieu, de la Zone Natura 2000 « Etangs de Sologne Bourbonnaise », regroupant une quinzaine d’étangs.
Espaces Naturels Sensibles
Deux ENS, et un autre en projet, accueillent l’espèce. La gestion du plus important d’entre eux, la « Boire des Carrés » à St Rémy-en-Rollat, est confiée à la LPO.
Espaces ordinaires
La plupart des plans d’eau de l’Allier sont en propriété privée, et ne bénéficient pas de mesures de protection particulières.
Une concertation entamée avec les propriétaires et utilisateurs des étangs où la cistude est présente peut déboucher dans le meilleur des cas sur des conventions de gestion, passées avec le CEN Allier, permettant d’engager des mesures actives de protection (protection des pontes, création de zones de ponte, etc).
Autres actions de l’ONCFS
Information
Information des usagers :
Pêcheurs et usagers des plans d’eau concernés sont informés, au hasard des rencontres, de la présence de l’espèce cistude, et du fait qu’il s’agit d’une espèce protégée dont la capture, la destruction et le transport sont interdits.
DDT, ONEMA :
Ces deux administrations sont informées de la présence de l’espèce sur les étangs, ceux-ci étant soumis à évaluation d’incidence en cas de travaux ou vidanges nécessitant déclaration ou autorisation.
Fédération de l’Allier pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique :
Cet organisme a édité en 2013 sur sa plaquette annuelle une information destinée aux pêcheurs, rédigée par J.L.MARANDON, et précisant entre autres l’attitude à adopter en cas de prise accidentelle d’une cistude (relâcher sur le plan d’eau, sans déplacement). La cistude étant carnivore peut en effet chercher à ingérer les appâts (vers, poissons morts).
Respect de la réglementation
Les agents de l’ONCFS sont attentifs à toute infraction qui pourrait être commise envers l’espèce (capture, destruction volontaire).